Zalążkiem powstania dzisiejszego zamku było rozpoczęcie budowy tak zwanego kamiennego domu przez Barnima III w 1346 roku. Tuż obok stanęły także kaplica świętego Ottona i ?duży dom? z basztą więzienną. Powstały w tym samym roku kościół św. Ottona mieścił w sobie pierwszą kryptę Gryfitów. Nie bez znaczenia dla historii zamku był rok 1428, rok buntu rzemieślników i biedoty. Został stłumiony przez wtenczas panującego Kazimierza V, za co książę otrzymał pokaźną sumę od Rady Miejskiej, które to pieniądze przeznaczył na rozbudowę obiektu. W tym czasie powstało południowe skrzydło zamku, a pod koniec XV wieku, już za panowania słynnego księcia Bogusława X, którego podobiznę wraz z małżonką Anną Jagiellonką możemy podziwiać obecnie przed zamkiem, do zamku dobudowany został Duży Dom, w którym obydwoje mieli zamieszkać. W 1491 roku odbyło się w tym miejscu książęce wesele, jednak niecałe 40 lat później, w 1530 roku w zamku wybuch pożar, który w dużym stopniu strawił tę część. Zdarzenie to jednak miało wpływ na podjęcie decyzji, nie tyle o odbudowie, a przebudowie zamku w stylu renesansowym. Prace trwające 7 lat przyniosły zmiany – kamienny dom stał się dwupiętrowa budowlą z dwuspadowym dachem i wieżą zegarową. Następne poważne zmiany przyszły w latach 1573- 1582, za panowania księcia Jana Fryderyka. Zburzony został kamienny dom i kaplica, dziedziniec zamknięto w wyniku dobudowania północnego i zachodniego skrzydła, skrzydło wschodnie zostało podwyższone. Ostatnim etapem rozbudowy zamku był XVII wiek – powstało piąte skrzyło, zwane też Menniczym, dzięki czemu utworzony został mały dziedziniec.

Ostatnim rokiem panowania Gryfitów na zamku był 1637. Wtedy to bezpotomnie zmarł Bogusław XIV, a zamek trafił w ręce szwedzkie. W 1705 roku na zamku zamieszkała królowa Polski Katarzyna Leszczyńska, a 6 lat później również król Stanisław Leszczyński. Po przejęciu Szczecina przez Prusy w 1720 zamek stał się siedzibą dowódcy garnizonu. Podczas tego okresu obiekt był przebudowywany praktycznie cały czas, po to, by jak najlepiej dostosować go do potrzeb stacjonującego tam garnizonu – w wyniku tego wyburzono wiele elementów dekoracyjnych. Garnizon mieścił się tam do 1902, jednak zamek po opuszczeniu go przez wojsko zaczął popadać w ruinę. W 1925 r. podjęto próbę renowacji zabytku, ale nie skończyła się ona powodzeniem. W końcu, w czasie wojny, zamek został poważnie uszkodzony za sprawą alianckich nalotów.

Okres po drugiej wojnie światowej przyniósł ważne odkrycie, jakim była krypta z sarkofagami książąt pomorskich (udostępniona do zwiedzania, prochy złożono w katedrze św. Jakuba). Prace archeologiczne ruszyły już trzy lata po wojnie. W latach 1958- 1980 zamek był stopniowo odbudowywany. Nie zachowało się zbyt wiele z oryginalnego wyposażenia.

Dziś zamek jest siedzibą Zarządu Województwa Zachodniopomorskiego. Mieści się tu muzeum, kino ?Zamek?, Opera na Zamku, dwie restauracje, Galeria Gotycka, Teatr Krypta i kabaret Piwnica przy Krypcie, Urząd Stanu Cywilnego, a także Centrum Informacji Kulturalnej i Turystycznej. Odbywają się tu wystawy artystyczne i historyczne, spotkania literackie, imprezy kulturalne i koncerty.

W kwietniu 2005 r. zamek został ponownie poddany restauracji. Udostępnione do zwiedzania jest skrzydło wschodnie oraz galeria gotycka, w których mieści się muzeum. Wpisany do rejestru zabytków w 1955 r.