Obecnie muzeum posiada cztery działy: dział archeologii, dział historii i badań nad współczesnością, dział dokumentacji zabytków i dział upowszechniania sztuki. 

Muzeum Archeologiczno-Historyczne w Stargardzie w swoich zasobach, oprócz książek i czasopism, posiada również zbiory specjalne m.in. stare druki, zbiory dawne (1800 ? 1950), druki życia społecznego. Dodatkowo w gmachu muzeum mieści się również biblioteka, która specjalizuje się w gromadzeniu zbiorów dotyczących tematyki pomorzoznawczej, a w szczególności Ziemi Stargardzkiej i samego miasta. W bibliotece znajduje się ponad 13 tys. wolumenów z takich dziedzin jak: historia, archeologia, sztuka, muzealnictwo oraz nauki pomocnicze tych dziedzin. 

Muzeum posiada dwie, stałe wystawy. Jedna z nich ukazuje historię miasta od roku 1945 do roku 1989, druga natomiast związana jest z aptekarstwem pomorskim i stargardzkim na przestrzeni wieków.

Muzeum pochwalić się może bowiem zbiorami prezentującymi najstarsze zabytki z aptek pomorskich. Znajdują się tu kolekcje szkła do nalewania leków, naczynia ceramiczne oraz butelki kamionkowe na wody mineralne. Wartą uwagi jest również waza majolikowa na wodę z włosów Wenery z wizerunkiem biskupa św. Luppa, a także wyciskarki i krajalnice do ziół i urządzenia do przygotowania maści, pigułek, piecyki i łaźnie. 

Muzeum ma swój oddział w Bastei (XVI-wiecznym budynku fortyfikacji miejskich) w Parku Piastowskim. Budowla usytuowana jest w południowo-zachodnim odcinku murów miejskich w okolicy Bramy Pyrzyckiej oraz Baszty Tkaczy. W 1945 r. Basteja została spalona i częściowo zniszczona. Odbudowaną ją ponownie w 1980. Obecnie w jej wnętrzu na jej czterech piętrach oglądać można wystawę na temat historii Stargardu. Można zobaczyć, jak miasto zmieniało się od średniowiecza do lat 20. XX wieku. Dowiedzieć się można, jak wyglądało życie codzienne mieszkańców. Wystawa jest w pełni multimedialna. Dla najmłodszych dostępna jest strefa edukacyjno-doświadczalna.

W Bastei znajduje się także escape room. Grać można w prawdziwych salach muzealnych, w sąsiedztwie prawdziwych wystaw. Fabuła pokoi – Duchy Bastei, Śmierć Muzealnika, Noc w muzeum – związana jest ściśle z tematyką danej wystawy, a rozwiązania zagadek niejednokrotnie wymagają zapoznania się z ekspozycją. Escape Room w Bastei został wyróżniony przez National Geographic Polska w rankingu 7 najciekawszych escape roomów w Polsce! 

Muzeum prowadzi także działalność edukacyjną dla dzieci i młodzieży, która obejmuje m.in. lekcje muzealne i warsztaty. Dzięki nim najmłodsi mogą posłuchać legend, poznać ginące zawody, a także bawić się ze sztuką, rozwijając swoją wyobraźnię.